Viện Môi trường và Tài nguyên hiện có 3 Phòng chức năng, 7 Phòng chuyên môn, 4 phòng thí nghiệm, các Trung tâm trực thuộc và độc lập và Trạm Quan trắc môi trường Quốc gia. Năm 2019, Viện đã thành lập thêm một số đơn vị mới và sáp nhập Trung tâm Quản lý nước và Biến đổi khí hậu - WACC vào Viện.
Viện Môi Trường & Tài Nguyên