Hoạt động đào tạo sau đại học là một trong những mảng công tác chính yếu của Viện Môi trường và Tài nguyên.
Hiện nay, Viện Môi trường và Tài Nguyên đang đào tạo 2 ngành cao học gồm:
- Quản lý Tài nguyên và Môi trường; Mã số: 8850101
- Kỹ thuật Môi trường; Mã số: 8520320
và 4 ngành tiến sĩ gồm:
- Kỹ thuật Môi trường; Mã số: 9520320
- Môi trường Đất và Nước; Mã số: 9440303
- Độc học Môi trường; Mã số: 9440305
- Quản lý Tài nguyên và Môi trường; Mã số: 9850101
Trong 20 năm xây dựng và phát triển của Viện, hoạt động đào tạo của Viện không ngừng phát triển về quy mô, số lượng và chất lượng.Có thể nói Viện đã trở thành đơn vị hàng đầu trong cả nước về đào tạo Sau đại học trong lĩnh vực MT&TN. Đến nay đã có khoảng 30 tiến sĩ và 800 thạc sĩ tốt nghiệp tại Viện. Ngoài ra, còn các chương trình đào tạo tiến sĩ phối hợp với nước ngoài (Thụy Sĩ, Nhật, Đức… với nhiều NCS đang học tập và nghiên cứu tại các nước nêu trên). Những Thạc sĩ và tiến sĩ tốt nghiệp tại Viện đã và đang đóng góp tốt cho sự nghiệp bảo vệ MT&TN trong cả nước, và nhiều người trong số họ đã và đang nắm giữ các vị trí chủ chốt trong các Viện nghiên cứu, trường đại học và Cơ quan quản lý nhà nước trong cùng lĩnh vực.
Bên cạnh đó, Viện còn cung cấp các khóa đào tạo ngắn hạn với nhiều chủ đề khác nhau trong lĩnh vực môi trường gồm: