Vào ngày 24/7/2018 tại Trụ sở UBND TPHCM, ông Nguyễn Thành Phong - Chủ tịch UBND TPHCM và PGS.TS. Huỳnh Thành Đạt - Giám đốc ĐHQG-HCM đã ký kết Thỏa thuận hợp tác giữa ĐHQG-HCM và UBND TP. HCM giai đoạn 2018 - 2020
Mục tiêu chung của thỏa thuận:
1. Phục vụ mục tiêu phát triển vùng kinh tế trọng điểm phía Nam, đáp ứng xu thế phát triển và hội nhập KT-XH của TPHCM trong giai đoạn 2018 - 2020, cụ thể là thực hiện thành công 07 chương trình đột phá với tiêu chí "Thành phố có chất lượng sống tốt, văn minh, hiện đại, nghĩa tình".
2. Phát huy thế mạnh nguồn lực khoa học và công nghệ và góp phần nâng cao vị thế, phát triển Đại học Quốc gia TPHCM trở thành Đại học nghiên cứu hàng đầu trong khu vực ASEAN.
Nội dung định hướng hợp tác:
1. Chương trình nâng cao chất lượng nguồn nhân lực
2. Chương trình cải cách hành chính
3. Chương trình nâng cao chất lượng tăng trưởng, năng lực cạnh tranh của kinh tế TPHCM;
4. Chương trình giảm ùn tắc giao thông, giảm tai nạn giao thông
5. Chương trình giảm ngập nước, ứng phó với Biến đổi khí hậu, nước biển dâng;
6. Chương trình giảm ô nhiễm môi trường
7. Chương trình hợp tác phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ giữa Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh với Khu Công nghệ Cao Thành phố Hồ Chí Minh.
Trong đó, Viện Môi trường và Tài nguyên đảm nhiệm vai trò Đơn vị phối hợp thực hiện trong Chương trình giảm ô nhiễm môi trường và Chương trình hợp tác phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ giữa Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh với Khu Công nghệ Cao Thành phố Hồ Chí Minh trong Thỏa thuận hợp tác này.